基于纳米孔测序的多样本自动化分析方法、系统及设备
摘要文本
本发明公开一种基于纳米孔测序的多样本自动化分析方法、系统及设备，涉及生物信息自动化分析领域。首先依据多样本的样本类型配置任务参数文件，包括文件夹监听参数、结果存储路径参数以及脚本库参数；在执行测序任务时，读取并解析任务参数文件，当监听到有新的测序数据产生时，识别其barcode编号并将测序数据所在文件夹、文件名以及需要执行的分析流程参数整合成分析任务；调用生物信息学软件以及分析流程脚本文件，并行执行分析任务，将分析任务的分析结果以及日志进行存储；待所有分析任务完成，将分析结果以barcode编号为单位进行合并。本发明能够有效避免人工设置分析参数导致的分析出错，缩短任务分析时间，提高分析效率。 马 克 数 据 网
申请人信息
- 申请人:浙江家禾泰弘生物科技有限公司; 浙江家禾津圣生物科技有限公司; 浙江绍兴家禾安裕生物科技有限公司
- 申请人地址:311115 浙江省杭州市余杭区良渚街道通运街364号1幢110室
- 发明人: 浙江家禾泰弘生物科技有限公司; 浙江家禾津圣生物科技有限公司; 浙江绍兴家禾安裕生物科技有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 基于纳米孔测序的多样本自动化分析方法、系统及设备 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311123875.6 |
| 申请日 | 2023/9/1 |
| 公告号 | CN117423385A |
| 公开日 | 2024/1/19 |
| IPC主分类号 | G16B30/10 |
| 权利人 | 浙江家禾泰弘生物科技有限公司; 浙江家禾津圣生物科技有限公司; 浙江绍兴家禾安裕生物科技有限公司 |
| 发明人 | 李龙; 李沛东; 郑佳佳; 蔡承志; 邓侨; 徐洋; 陈思杰; 董恩球 |
| 地址 | 浙江省杭州市余杭区良渚街道通运街364号1幢110室; ; |
专利主权项内容
1.一种基于纳米孔测序的多样本自动化分析方法，其特征在于，包括：依据待测序的多样本的样本类型配置任务参数文件；所述任务参数文件中包括文件夹监听参数、结果存储路径参数以及脚本库参数；所述文件夹监听参数为原始测序数据存储的文件夹路径；所述结果存储路径参数为任务分析结果存储的文件夹路径；所述脚本库参数为每个barcode标签需要执行的分析流程脚本文件所在路径；将多样本的样品添加不同的barcode标签混合上机，并通过Nanopore的测序软件MinKnow执行测序任务；MinKnow软件经过碱基识别和条码拆分后，将实时产生的原始测序数据存储在以barcode编号命名的文件夹里；读取并解析任务参数文件，根据文件夹监听参数监听原始测序数据存储的文件夹中是否有新的测序数据产生；当监听到有新的测序数据产生时，识别其barcode编号并将测序数据所在文件夹、文件名以及其需要执行的分析流程参数以字典型变量整合成分析任务；将分析任务载入分析池队列，等待分析进程空闲时，取出分析任务，调用生物信息学软件以及分析流程脚本文件，并行执行分析任务，并将分析任务的分析结果以及分析运行日志进行存储；待所有分析任务完成，将所有分析结果以barcode编号为单位进行合并并显示。 关注公众号马克数据网