一种基于齐次坐标变换矩阵的过渡态初始路径插点方法和装置
摘要文本
一种基于齐次坐标变化矩阵的过渡态初始路径插点方法和装置，其方法包括：S1.对化学反应的初状态和末状态进行结构优化，得到合理的反应初状态和末状态结构文件放置在脚本当前路径下；S2.指认反应初末状态结构文件、反应原子序号、过渡态总插点数目、活化阶段步数；S3.读取并且切分结构文件中的原子坐标数据，并且将原子坐标以二维数组形式储存，分别为IS坐标矩阵和FS坐标矩阵；S4.计算活化阶段每一步反应原子坐标数据；S5.计算反应阶段每一步反应原子坐标数据；S6.对所有原子进行线性插值，获得原始过渡态原子坐标数据；S7.将活化阶段原子坐标数据、反应阶段原子坐标数据覆盖原始过渡态坐标数据，生成最终过渡态初始路径。。数据由马 克 数 据整理
申请人信息
- 申请人:浙江工业大学
- 申请人地址:310014 浙江省杭州市拱墅区潮王路18号
- 发明人: 浙江工业大学
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一种基于齐次坐标变换矩阵的过渡态初始路径插点方法和装置 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311269593.7 |
| 申请日 | 2023/9/28 |
| 公告号 | CN117352076A |
| 公开日 | 2024/1/5 |
| IPC主分类号 | G16C20/10 |
| 权利人 | 浙江工业大学 |
| 发明人 | 赵佳; 诸葛凯旋; 岳玉学 |
| 地址 | 浙江省杭州市拱墅区朝晖六区潮王路18号 |
专利主权项内容
1.一种基于齐次坐标变化矩阵的过渡态初始路径插点方法，其特征在于，包括以下步骤：S1.使用VASP软件对化学反应的初状态和末状态进行结构优化，得到合理的反应初状态和末状态结构文件放置在脚本当前路径下。S2.启动Python脚本的数据读取模块，指认反应初末状态结构文件、反应原子序号、过渡态总插点数目、活化阶段步数。S3.启动Python脚本的文本读取模块，读取并且切分结构文件中的原子坐标数据，并且将原子坐标以二维数组形式储存，分别为IS(Initial State)坐标矩阵和FS(Final State)坐标矩阵。S4.启动活化阶段插点模块，根据活化阶段步数，计算活化阶段每一步反应原子坐标数据。S5.启动反应阶段插点模块，根据过渡态总插点数目，计算反应阶段每一步反应原子坐标数据。S6.启动原子坐标线性插值模块，根据IS坐标矩阵和FS坐标矩阵，过渡态总插点数目，对所有原子进行线性插值，获得原始过渡态原子坐标数据。S7.将活化阶段原子坐标数据、反应阶段原子坐标数据覆盖原始过渡态坐标数据，生成最终过渡态初始路径。