实体瘤微小病灶残留的检测panel、探针组及其应用
摘要文本
本发明涉及生物信息学技术领域，特别是涉及实体瘤微小病灶残留的检测panel、探针组及其应用。本发明提供的筛选方法可以兼顾性能与成本，形成固定化小panel，在不损失性能的前提下，尽量缩减panel大小，筛选得到的检测panel对于尿路上皮癌、膀胱癌、结直肠癌、食管癌、肝癌、肺腺癌、肺鳞癌、胰腺癌、胃癌，检出率都在90%以上，平均能检测到2个以上的阳性位点，满足检测要求。另外，本发明通过向小panel中添加个性化探针的方式，扩大追踪位点数目、提高检测灵敏度，同时检测肿瘤组织中未发现的突变位点，有能力规避肿瘤异质性，还可以检测新发突变，融合组织知情分析法和组织不知情分析法，使二者形成互补。 马-克-数据
申请人信息
- 申请人:北京求臻医学检验实验室有限公司
- 申请人地址:100176 北京市大兴区北京经济技术开发区156号3号楼3层301室
- 发明人: 北京求臻医学检验实验室有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 实体瘤微小病灶残留的检测panel、探针组及其应用 |
| 专利类型 | 发明授权 |
| 申请号 | CN202410020399.3 |
| 申请日 | 2024/1/8 |
| 公告号 | CN117524304B |
| 公开日 | 2024/3/29 |
| IPC主分类号 | G16B20/20 |
| 权利人 | 北京求臻医学检验实验室有限公司 |
| 发明人 | 张怡然; 陈慧娟; 王冰; 商宇红; 李旋; 段小红 |
| 地址 | 北京市大兴区北京经济技术开发区156号3号楼3层301室 |
专利主权项内容
1.一种实体瘤微小病灶残留检测panel的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：以泛癌种的高频驱动基因的全外显子区域为第一数据集；所述泛癌种的高频驱动基因包括EGFR、TP53、VHL、SMAD4、CDH1、PBMR1、KRAS、NRAS和BRCA2；利用已知的肿瘤突变数据构建所述泛癌种的第二数据集；所述构建的原则包括：保留肿瘤变异等位分数/正常变异等位分数≥5、肿瘤突变深度≥8、肿瘤测序深度≥50和肿瘤变异等位分数≥1%的基因突变区域和突变位点；所述已知的肿瘤数据库包括TCGA数据库；将所述第一数据集和第二数据集中基因组距离低于80bp的突变位点在参考基因组下进行合并，只保留基因组的突变区域坐标，不考虑突变类型，得到突变区域数据集；所述参考基因组包括hg19；以已知的肿瘤数据库为样本集，在不同癌种水平，计算所述突变区域数据集中每个突变区域的患者阳性率，每个癌种均筛选阳性率从高到低的500个突变区域；将各癌种阳性率最高的位点进行逐步累加，得到panel区域大小与患者覆盖度的关系曲线；所述患者覆盖度=平均突变个数≥1的患者数/总患者数；所述平均突变个数=可检测出的所有突变数/总患者数；在所述关系曲线中选择患者覆盖度为94.2%~96.5%时的区域为检测panel的区域大小；根据所述检测panel的区域大小将第一数据集和第二数据集的突变区域任意组合，得到多种突变区域组合；计算每种所述突变区域组合的突变平均贡献A和平均突变个数；所述突变平均贡献A=突变区域组合覆盖的泛癌种患者数/突变区域组合的区域大小；所述突变平均贡献A×平均突变个数最大的突变区域组合为所述实体瘤微小病灶残留检测panel。