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变异描述信息的处理方法、装置及电子设备
摘要文本
本申请提供了一种变异描述信息的处理方法、装置及电子设备,方法包括:在变异描述信息中的变异HGVS描述涉及关联转录本的编码核苷酸变化或氨基酸变化时,根据VCF文件、参考基因组序列文件和基因功能注释文件,获取变异关联转录本的CDS序列和变异CDS序列、变异蛋白编码长度,对变异描述信息中的氨基酸水平的变异描述信息进行校验与修正;根据基因功能注释文件、转录本序列与参考基因组序列的比对文件,确定基因组组装问题关联转录本位置信息;基于该信息,对变异描述信息中的DNA水平变异描述信息和氨基酸水平变异描述信息进行校验与修正。本申请能够对变异描述信息进行自动化校验与修正,提升信息准确性与规范性。。数据由马 克 数 据整理
申请人信息
- 申请人:北京贝瑞和康生物技术有限公司
- 申请人地址:102200 北京市昌平区科技园区生命园路4号院5号楼8层801
- 发明人: 北京贝瑞和康生物技术有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 变异描述信息的处理方法、装置及电子设备 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202410185961.8 |
| 申请日 | 2024/2/20 |
| 公告号 | CN117746989A |
| 公开日 | 2024/3/22 |
| IPC主分类号 | G16B30/10 |
| 权利人 | 北京贝瑞和康生物技术有限公司 |
| 发明人 | 穆婷; 张秀娟; 李淑娟 |
| 地址 | 北京市昌平区科技园区生命园路4号院5号楼8层801 |
专利主权项内容
1.一种变异描述信息的处理方法,其特征在于,所述方法包括:获取变异描述信息;所述变异描述信息为通过变异注释软件,基于参考基因组序列文件和基因功能注释文件对VCF文件中的遗传变异信息进行注释得到的;判断所述变异描述信息中的变异HGVS描述是否涉及关联转录本的编码核苷酸变化或氨基酸变化;如果是,根据所述VCF文件、所述参考基因组序列文件和所述基因功能注释文件,获取变异关联转录本的CDS序列和变异CDS序列;基于变异关联转录本的变异CDS序列获取变异蛋白编码长度;根据所述CDS序列、变异CDS序列和变异蛋白编码长度,对所述变异描述信息中的氨基酸水平的变异描述信息进行校验与修正;根据所述基因功能注释文件、转录本序列与参考基因组序列的比对文件,确定基因组组装问题关联转录本位置信息;基于基因组组装问题关联转录本位置信息,对所述变异描述信息中的DNA水平变异描述信息和氨基酸水平变异描述信息进行校验与修正。