一套基于液相芯片和KASP技术开发的水稻核心SNP标记组合及其应用
申请人信息
- 申请人:江苏省农业科学院
- 申请人地址:210014 江苏省南京市玄武区钟灵街50号
- 发明人: 江苏省农业科学院
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一套基于液相芯片和KASP技术开发的水稻核心SNP标记组合及其应用 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311571199.9 |
| 申请日 | 2023/11/22 |
| 公告号 | CN117535387A |
| 公开日 | 2024/2/9 |
| IPC主分类号 | C12Q1/6858 |
| 权利人 | 江苏省农业科学院 |
| 发明人 | 朱小品; 徐婷婷; 孟珊; 颜伟; 狄佳春; 杨雪; 朱银; 杨欣; 郭春滨 |
| 地址 | 江苏省南京市玄武区钟灵街50号 |
摘要文本
本发明公开了一套基于液相芯片和KASP技术开发的水稻核心SNP标记组合及其应用。本发明提供了水稻基因组中60个SNP位点的如下应用：制备水稻SNP位点检测试剂盒；对水稻种质资源或遗传群体进行基因分型；构建水稻种质资源或品种DNA分子指纹数据库；对水稻种质资源进行遗传多样性分析。本发明所提供的60个SNP位点组合，可应用于水稻分子指纹数据库构建、品种鉴定以及种质资源遗传多样性分析；而且这60核心位点组合的应用相比较目前广泛使用的生化检测方法以及SSR方法可极大提高检测准确度、缩短检测时间、提高检测水平。这将为分子检测提供更有效、可靠的技术手段；并将为水稻品种鉴定提供重要的技术支撑。
专利主权项内容
1.水稻基因组中60个SNP位点在如下任一中的应用：(1)制备水稻SNP位点检测试剂盒；(2)对水稻种质资源或遗传群体进行基因分型；(3)构建水稻种质资源或品种DNA分子指纹数据库；(4)对水稻种质资源进行遗传多样性分析；所述60个SNP位点的物理位置是基于水稻品种日本晴的全基因组序列对比确定的，所述水稻品种日本晴的全基因组序列的版本号为MSU7.0；所述60个SNP位点是OsK01-OsK60；Osk1位于1号染色体上第1228512位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk2位于1号染色体上第4645481位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk3位于1号染色体上第6644387位，其脱氧核苷酸为C或A；Osk4位于1号染色体上第9305876位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk5位于1号染色体上第12854426位，其脱氧核苷酸为C或G；Osk6位于1号染色体上第24749480位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk7位于1号染色体上第30545662位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk8位于2号染色体上第5785532位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk9位于2号染色体上第21772969位，其脱氧核苷酸为G或C；Osk10位于2号染色体上第34474061位，其脱氧核苷酸为C或A；Osk11位于2号染色体上第35882696位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk12位于3号染色体上第7956017位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk13位于3号染色体上第13775121位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk14位于3号染色体上第16579520位，其脱氧核苷酸为C或T；Osk15位于3号染色体上第25181277位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk16位于4号染色体上第15846017位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk17位于4号染色体上第19209543位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk18位于4号染色体上第21469290位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk19位于4号染色体上第22842238位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk20位于4号染色体上第31997187位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk21位于5号染色体上第7384864位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk22位于5号染色体上第17035145位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk23位于5号染色体上第23305515位，其脱氧核苷酸为G或C；Osk24位于6号染色体上第1529649位，其脱氧核苷酸为G或T；Osk25位于6号染色体上第3166267位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk26位于6号染色体上第8454606位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk27位于6号染色体上第10345230位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk28位于6号染色体上第25220061位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk29位于7号染色体上第2865195位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk30位于7号染色体上第4660773位，其脱氧核苷酸为T或A；Osk31位于7号染色体上第8809828位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk32位于7号染色体上第10756612位，其脱氧核苷酸为A或T；Osk33位于7号染色体上第12924029位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk34位于7号染色体上第21324970位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk35位于7号染色体上第24622118位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk36位于8号染色体上第1530355位，其脱氧核苷酸为C或T；Osk37位于8号染色体上第2275008位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk38位于8号染色体上第7890733位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk39位于8号染色体上第19466177位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk40位于8号染色体上第24070735位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk41位于9号染色体上第39319位，其脱氧核苷酸为A或T；Osk42位于9号染色体上第10515653位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk43位于9号染色体上第12725653位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk44位于9号染色体上第13665180位，其脱氧核苷酸为T或G；Osk45位于9号染色体上第17753206位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk46位于10号染色体上第369133位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk47位于10号染色体上第2335637位，其脱氧核苷酸为C或T；Osk48位于10号染色体上第3787248位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk49位于10号染色体上第10724291位，其脱氧核苷酸为T或G；Osk50位于10号染色体上第19029893位，其脱氧核苷酸为C或T；Osk51位于11号染色体上第4374875位，其脱氧核苷酸为C或T；Osk52位于11号染色体上第18935157位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk53位于11号染色体上第20525980位，其脱氧核苷酸为T或C；Osk54位于11号染色体上第26085857位，其脱氧核苷酸为G或A；Osk55位于11号染色体上第28010037位，其脱氧核苷酸为T或G；Osk56位于12号染色体上第215397位，其脱氧核苷酸为C或T；Osk57位于12号染色体上第1794727位，其脱氧核苷酸为T或G；Osk58位于12号染色体上第2738115位，其脱氧核苷酸为A或T；Osk59位于12号染色体上第13784750位，其脱氧核苷酸为A或G；Osk60位于12号染色体上第24090217位，其脱氧核苷酸为T或C。