一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法
摘要文本
本发明涉及太行鸡保种技术领域，公开了一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，包括以下步骤：首先采集保种群的样本，并提取基因组DNA。然后通过低深度重测及相关生物信息学分析获得全基因组水平的合格有效SNP标记。利用获得的全基因组SNP标记信息对保种群的多态性标记比例、平均期望杂合度和平均观察杂合度、连锁不平衡衰减速率、保种群间的主成分分析、各保种群个体间及保种群间的遗传距离和遗传相系数、各保种群的基于ROH的近交系数等参数进行分析，可以更全面地对保种群的保种效果进行评价，及时发现保种群继代过程中出现的问题并提出相应的解决方案，本方法克服了已有方法的缺陷，为畜禽遗传资源保护中保种群保种效果的评价提供了一个更为有效的方法。
申请人信息
- 申请人:河北农业大学
- 申请人地址:071000 河北省保定市莲池区灵雨寺街289号
- 发明人: 河北农业大学
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202310705935.9 |
| 申请日 | 2023/6/14 |
| 公告号 | CN117542418A |
| 公开日 | 2024/2/9 |
| IPC主分类号 | G16B30/00 |
| 权利人 | 河北农业大学 |
| 发明人 | 樊宝良; 王学静; 王德贺; 胡晓湘; 张浩; 李德娟; 崔梦迪 |
| 地址 | 河北省保定市灵雨寺街289号 |
专利主权项内容
1.一种基于低深度全基因组重测序技术对保种群保种效果进行评价的方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤一，采集保种群至少800个个体的组织样品，用于基因组DNA提取；步骤二，应用MagPure Tissue&Blood DNA LQ Kit试剂盒提取各样品基因组DNA，利用Tn5转座酶对每个个体建立基因文库，并进行低深度全基因组重测序；步骤三，利用Base-Va软件对比前后的低深度重测序数据识别多态位点并推测等位基因频率进行SNP分型，应用STITCH软件进行基因型填充；步骤四，使用PLINK进行质量控制，标准及流程如下：(1)SNP检出率≥95％，(2)最小的等位基因频率≥0.01，(3)哈德温伯格平衡检验P值≥1×10-6，(4)置信度>0.4，对填充后的基因型数据进行严格质控，过滤不合格的数据保留符合要求的数据应用于后续研究；步骤五，基于全基因组数据对各保种群的遗传多样性进行评估，计算各保种群的多态性标记比例(P)、平均期望杂合度和平均观察杂合度，分析太行鸡保种群体的遗传多样性。N步骤六，对各保种群两个基因座之间的连锁程度进行分析。步骤七，使用GCTA软件按照Price等提出的EIGENSTRAT方法对各保种群进行主成分分析，利用Plink软件中的--genome命令调用IBS对保种群个体间的遗传距离和遗传相似系数以及保种群间的遗传距离和遗传相似系数进行分析。步骤八，应用Plink软件分析保种群连续性纯合片段(Runs of Homozygosity，ROH)，统计每个样本ROH的长度，通过计算个体中ROH片段的总长度与常染色体基因组总长度的比值，获得每个样本基于ROH的近交系数，群体检测样本求平均值即为各群体的近交系数。 该数据由<马克数据网>整理