一种基于病原宏基因二代测序的耐药基因检测方法
摘要文本
本发明属于宏基因组测序分析技术领域，提供了一种基于病原宏基因二代测序的耐药基因检测方法。本发明不依赖于细菌的培养，与传统方法相比具有更高的敏感性和特异性；并且与现有病原宏基因组的耐药基因分析相比，本发明提供了一个更全面且无冗余的耐药基因比对数据库，在保证耐药基因全面准确的基础，又不会增加分析资源与成本的消耗；另外，在去除人源宿主序列中，本发明新增了专门针对中国人种的炎黄一号基因组序列和人类基因组序列无间隙版本，这使得人源序列去除的更加彻底，减少了人源序列对耐药基因分析的影响。除此之外，本发明还提供了一个耐药基因注释数据库，增加了耐药基因结果可读性，有助于实现临床细菌耐药情况的快速诊断。
申请人信息
- 申请人:洛兮医疗科技(河北)有限公司
- 申请人地址:065000 河北省廊坊市自由贸易试验区大兴机场片区廊坊临空经济区航谊道自贸区科创基地4279
- 发明人: 洛兮医疗科技(河北)有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一种基于病原宏基因二代测序的耐药基因检测方法 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311620805.1 |
| 申请日 | 2023/11/30 |
| 公告号 | CN117690483A |
| 公开日 | 2024/3/12 |
| IPC主分类号 | G16B20/30 |
| 权利人 | 洛兮医疗科技(河北)有限公司 |
| 发明人 | 周淑芳; 胡亮; 李姗姗 |
| 地址 | 河北省廊坊市自由贸易试验区大兴机场片区廊坊临空经济区航谊道自贸区科创基地4279 |
专利主权项内容
1.一种基于宏基因组二代测序的细菌耐药基因检测方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤S1：联合card、resfinder、argannot以及ncbibetalactamase四个耐药基因数据库，过滤、筛选、重建细菌耐药基因数据库，具体包括细菌耐药基因比对数据库和细菌耐药基因注释数据库；步骤S2：对病原宏基因组样本进行测序，并对测序数据样本进行标签识别；待测序结束后对数据样本进行序列拆分，即得到病原宏基因组原始测序数据；步骤S3：对步骤S2中病原宏基因组原始测序数据进行质量控制；步骤S4：构建人源序列数据库，将步骤S3中质控后的数据与人源序列数据库进行比对，并过滤人源宿主序列，即得非人源序列；步骤S5：将步骤S4所述非人源序列组装成contigs；步骤S6：将步骤S5所述contigs序列与步骤S1构建的耐药基因比对数据库进行比对；步骤S7：筛选耐药基因；步骤S8：对耐药基因耐药机制、所属耐药类别和物种来源的信息进行注释；其中，步骤S4中所述人源序列数据库是由人类参考基因组-hg19、人转录组数据、炎黄一号基因组和人类基因组序列无间隙版本-T2T-CHM13共同组成。