一种基于模板的蛋白质小分子复合物建模方法及其应用
申请人信息
- 申请人:上海智峪生物科技有限公司
- 申请人地址:201105 上海市闵行区沪青平公路277号5楼
- 发明人: 上海智峪生物科技有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一种基于模板的蛋白质小分子复合物建模方法及其应用 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311627394.9 |
| 申请日 | 2023/11/30 |
| 公告号 | CN117577224A |
| 公开日 | 2024/2/20 |
| IPC主分类号 | G16C20/50 |
| 权利人 | 上海智峪生物科技有限公司 |
| 发明人 | 彭向达; 王志豪; 郑良振; 周凡 |
| 地址 | 上海市徐汇区漕溪北路331号中金国际广场B楼10楼 |
摘要文本
上海智峪生物科技有限公司获取“一种透气窗帘布”专利技术，本发明提供了一种基于模板的蛋白质小分子复合物建模方法及其应用，本发明所述方法基于分子力场来执行小分子柔性对齐算法，分子力场中的相互作用参数可以提供对小分子基本几何构型，如键长、键角、键级，和元素性质，如电荷、原子半径等基本信息，在上述信息基础上进一步构建了惩罚和奖励机制，来迫使目标小分子在遵循上述力场规则的前提下尽可能与目标分子之间形成最大的空间和化学相似性。本发明的方法可以帮助在小分子药物开发过程中更准确的确定小分子在蛋白质口袋中的位置，可进一步帮助基于分子动力学模拟的自由能微扰计算或MMPBSA计算过程。
专利主权项内容
1.一种基于模板的蛋白质小分子复合物建模方法，其特征在于，所述建模方法包括：(1)读取目标小分子和参考小分子的坐标文件，生成相应的分子力场信息并对原子信息进行解析；(2)平移目标小分子，使目标小分子的几何中心与参考小分子的几何中心重合；(3)基于参考小分子的空间构象，在参考小分子的原子周围构建均匀分布的虚拟格点；以虚拟格点为中心，对平移后的目标小分子施加排斥力势；(4)根据原子的元素类型、电荷数值、成键数目和成环类型，进行相似性打分，筛选出参考小分子和目标小分子中的相似原子对；(5)对于相似性得分大于0的参考小分子-目标小分子原子对，通过增加吸引力势进行额外的奖励，且相似性越高，吸引力越强；(6)在三维空间中对目标小分子整体进行旋转采样，同时对目标小分子中的可旋转键进行旋转采样，以生成多个不同姿势的采样构象；(7)计算获得的采样构象的总能量，将能量打分值在能量标准范围内的目标小分子采样构象输出，作为待选目标小分子空间构象集合；否则，重复步骤(6)，增加采样密度，生成更多采样构象；(8)进行分子动力学模拟，利用OpenMM程序包进行能量最小化过程；从待选目标小分子空间构象集合中筛选能量打分值最低的目标小分子空间构象作为柔性对齐结果。