一种卵巢癌CD8+ T细胞相关预后评估方法、系统及其应用
申请人信息
- 申请人:山东中医药大学
- 申请人地址:250355 山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号
- 发明人: 山东中医药大学
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一种卵巢癌CD8+ T细胞相关预后评估方法、系统及其应用 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311804534.5 |
| 申请日 | 2023/12/25 |
| 公告号 | CN117766024A |
| 公开日 | 2024/3/26 |
| IPC主分类号 | G16B25/10 |
| 权利人 | 山东中医药大学 |
| 发明人 | 李霞; 刘鑫馗; 张振; 范楠楠; 褚楚; 周苗苗; 朱肖肖; 李莉华; 乔梦玫; 李薇 |
| 地址 | 山东省济南市长清区大学科技园大学路4655号 |
摘要文本
本发明提出了一种卵巢癌CD8+T细胞相关预后评估方法、系统及其应用，属于生物技术领域。本发明中通过分析受试者转录组表达谱数据和生存信息，获得免疫浸润丰度及CD8+T细胞浸润丰度；基于此分析整合获得卵巢癌预后相关基因并构建预后风险模型。为卵巢癌CD8+T细胞相关预后生物标志物和治疗靶点的研发提供了高质量证据和临床指导，为解决卵巢癌免疫治疗响应率低且缺乏新型CD8+T细胞相关标志物的临床实际问题提供了重要方法。
专利主权项内容
1.一种卵巢癌CD8T细胞相关预后评估方法，其特征在于，所述方法包括：+从数据库获得卵巢癌患者的全转录组表达谱数据和临床信息，制作数据集；经过预处理、质控和标准化，将数据集划分为训练集TCGA-OV，测试集GSE32062、GSE9891或GSE17260；将训练集中全转录组表达谱数据和临床信息通过单样本基因集富集分析ssGSEA算法评估每个卵巢癌患者肿瘤组织的免疫浸润程度、评估CD8T细胞的活化状态；+根据训练集中卵巢癌患者肿瘤免疫浸润程度数据进行聚类分析获得不同的免疫浸润亚型；对训练集中的全转录组表达谱数据采用加权基因共表达网络WGCNA输出基因模块；筛选基因模块中同时与免疫浸润亚型、Activated CD8T cell和Cytotoxic signature三个指标相关性最高的模块作为核心基因模块并提取核心基因；通过Kaplan-Meier生存分析，以P＜0.05作为阈值，初步识别出预后相关基因；+对训练集中初步识别的预后相关基因的卵巢癌转录组数据进行Z-score标准化，后通过10折交叉验证的LASSO回归和最优子集回归进行特征筛选，通过多因素Cox回归构建CD8T细胞相关基因预后风险模型；+将收集的卵巢癌肿瘤组织RNA表达谱数据，输入到预后风险模型中计算风险评分Riskscore。