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一种基于长读长测序的基因单倍型检测方法及其应用
申请人信息
- 申请人:东莞博奥木华基因科技有限公司
- 申请人地址:523808 广东省东莞市松山湖高新技术产业开发区桃园路1号莞台生物技术合作育成中心11栋
- 发明人: 东莞博奥木华基因科技有限公司
专利详细信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 专利名称 | 一种基于长读长测序的基因单倍型检测方法及其应用 |
| 专利类型 | 发明申请 |
| 申请号 | CN202311620961.8 |
| 申请日 | 2023/11/29 |
| 公告号 | CN117711488A |
| 公开日 | 2024/3/15 |
| IPC主分类号 | G16B20/30 |
| 权利人 | 东莞博奥木华基因科技有限公司 |
| 发明人 | 黄铨飞; 苏恺婵; 刘情; 景丽芳; 刘腾飞; 李蓓蓓; 庾晓康; 王康丽 |
| 地址 | 广东省东莞市松山湖高新技术产业开发区桃园路1号莞台生物技术合作育成中心11栋 |
摘要文本
本发明公开了一种基于长读长测序的基因单倍型检测方法及其应用。其通过引物扩增CYP2D6基因序列后用特异性标签index再次扩增CYP2D6基因序列并对不同样本进行标记，然后对不同标签的样本文库pooling后进行Nanopore测序分析，测序下机数据通过特异性标签index作为标记，index容错数设置为1进行样本数据拆分，有效提高数据拆分有效率，并通过长读长测序结果推断点突变之间的连锁关系，根据连锁关系分开对单倍型进行预测，最终实现准确地分型单倍型。本发明中的方法相比于现有方法而言，实现了对于Nanopore测序中的点突变的矫正，从而极大的提高了F1值，实现了更加准确且有效的CYP2D6基因分型。
专利主权项内容
1.一种基因单倍型检测方法，包括如下步骤：(1)使用特异性引物对待测样本进行PCR扩增，得到目标片段，然后使用标签引物对目标片段再次PCR扩增，得到带有不同标签的扩增产物；(2)等量混合来源自不同待测样本的带有不同标签的扩增产物，构建Nanopore测序库，对Nanopore测序库进行长读长测序，测序结果与人类参考基因组进行比对后得到排序后的BAM文件，然后进行变异检测，获得VCF文件，使用贝叶斯矫正模型对VCF文件进行矫正，得到矫正后的VCF文件；(3)使用phase命令对矫正后的VCF文件和排序后的BAM文件进行分相，然后根据分相结果执行haplotag命令，对数据进行标记，根据标记判断基因单倍型。