一种空间转录组测序方法、系统、介质及设备

专利主权项内容

马-克-数据 1.一种空间转录组测序方法，其特征在于，包括如下步骤：获取测序数据和barcode位置信息数据；基于测序数据、barcode位置信息数据和生产者-消费者模型进行分析得到测序结果；其中，所述生产者-消费者模型的构建过程为：消费者线程按块读取barcode位置信息文件，基于barcode位置信息文件构建map数据结构；生产者线程按块读取fastq测序数据，将读取的数据转化read格式放入数据块队列中；消费者线程从数据块队列获取数据块，解析出read，对于每条read，使用构建好的map数据结构查询read的位置，如果未查询到，进行容错处理后再查询，将查询得到的相应的位置对应的read交给写线程，仍未查询到，直接丢弃；map数据结构的构建过程为：采用第一数组存储key-value对，采用开放寻址法来处理冲突，采用第二数组记录映射到同一个值的所有key中最近插入的key，第一数组同时存储下一个映射到同一个值的key在第一数组中的索引来模拟链表；map数据结构的构建时，采用布隆过滤器来过滤掉map中不存在的barcode。